圣马可大教堂以拜占庭风格为主，揉合了从罗马式到文艺复兴式的各种建筑和装饰风格，正面有五座菱拱形的罗马式大门，顶部立有东方式与哥德式尖塔及各种大理石塑像、浮雕对花形图案，巨大的圆顶和灿烂的镶嵌画是它突出的特点。
教堂由五个巨大的圆顶主厅和两个回廊式的前厅所组成，形成一个巨型的希腊十字架。五座圆顶仿自土耳其伊斯坦堡的圣索非亚大教堂，是与圣马可教堂齐名的拜占庭风格的建筑。教堂前矗立的三根旗杆是有其意义，代表威尼斯国威鼎盛时所拥有Cyprus、Crete和Morea三个岛屿，是该城辉煌历史的见证。
教堂正中顶部有一座手持《马可福音》的圣马可像，下方有象征圣马可的飞狮。
